Tous les déchets sont triés sur le navire.
Malheureusement le tri effectué à bord est souvent peu suivi une fois arrivé à terre où tout est trop souvent mis en commun, à l’exception de quelques ports modernes comme Oslo par exemple.
Pour les déchets alimentaires, il est possible de les jeter en mer dans certaines zones. Mais il y a des zones où c’est interdit, dans ce cas les déchets sont conservés en chambre froide pour des raisons sanitaires, pour éviter la prolifération de micro-organismes. Les plastiques et les métaux y sont également stockés.
Avant de stocker les déchets, ces derniers sont broyés et compactés, ceci dans le but d’avoir le moins de volume possible. Il n’est plus possible de broyer le verre à bord car cela faisait des poussières très fines et dangereuses pour la santé.
L’incinérateur permet de brûler les déchets papiers et chiffons gras. Cela est autorisé car lors de l’incinération, les températures atteintes dépassent les 800°C. À ces températures se produit un craquage thermique efficace (les grosses molécules polluantes sont cassées en plus petites moins polluante).